Les différences de résultats entre les centres doivent être interprétées avec précaution car des biais peuvent en être la cause :

- l’activité de « recours » de certains centres à qui sont adressés des patients dans un état sévère notamment pour une transplantation : cette activité peut « tirer vers le bas » les indicateurs ;

- l’allongement de la vie des patients porteurs des formes les plus sévères, l’augmentation de leur nombre qui peut en conséquence « faire baisser » les indicateurs.

- l’effet de la transplantation :

• la valeur du VEMS ne mesure plus la fonction des poumons natifs mais celle des poumons transplantés : elle est dans ce cas davantage liée au succès de la transplantation qu’à l’efficacité des thérapeutiques visant à préserver la fonction des poumons natifs ;
• le changement de CRCM qui suit le patient dès lors qu’il est transplanté, ce qui concentre dans les CRCM « transplanteurs » l’impact favorable sur les indicateurs de santé ;

- les conditions socio-économiques défavorables dans certaines régions touchées plus que d’autres par le chômage et les problèmes économiques qui retentissent parfois sur l’état de santé d’un patient ;

- les limites des statistiques dans le cas d’un faible nombre de patients dans une catégorie d’âges : dès lors qu’un patient dans un état sévère est transféré du CRCM pédiatrique vers le CRCM adulte, les indicateurs de chaque centre peuvent être significativement impactés si la taille de la file active est par ailleurs réduite.